Azərbaycan Respublikasında ali baytarlıq təhsilinin təməli 1931-ci ildə qoyulmuşdur. Həmin il Azərbaycan Politexnik İnstitutunun kənd təsərrüfatı fakültəsinin heyvandarlıq bölməsinin (1926-cı ildə yaradılmışdır) bazasında Gəncə şəhərində Azərbaycan Zoobaytarlıq İnstitutu yaradılmışdır. İnstitutun ilk direktoru Azərbaycan Politexnik İnstitutunun kənd təsərrüfatı fakültəsinin məzunu T.M.Nağızadə olmuşdur.
1933-cü ildə bu insitut Azərbaycan Kənd təsərrüfatı İnsitutuna birləşdirilib və 1935-ci ildə ilk buraxılış olub. Burada əcnəbi alimlərlə yanaşı, azərbaycanlı mütəxəssislər də çalışıblar. 1932-1937-ci illərdə Azərbaycan Pedaqoji İnsitutunun təşkilatçılarından biri-professor Fətullabəy Rzabəyli Zoologiya, zoogigiyena və baytarlıq-sanitariya ekspertizası kafedrasının rəhbəri olub.
Bu fakültədə tanınmış alimlər akademik Firuz Məlikov, Elmlər Akademiyasının müxbir üzvləri Ağaxan Ağabəyli, professorlar Rəhim Səttarzadə, Cahangir Axundov, Mirzə Sadıqov, Məmmədtağı Qəniyev, Məmməd Mehdiyev, Nadir Abusəlimov, Zülfüqar Verdiyev, Kəbutər Səfərov, Qədir Möhsünzadə, Yaqub Babayev, Rəhim Mehdiyev, Yunis Səfərov, Hacı Hacıyev, Əmir Əhmədov, Ənvər Xəlilov, Hacı Quliyev, Əbülfəz Əliyev, Mobil Həsənov, Mustafa Mustafayev, Ələddin Əsgərov, Sadıx Əliyev, Cabbar Səttarov, Raul Qədimov, Rüstəm Rüstəmov, Ağakərim Əliyev, Turan Turabov, Yusif Ağayev, Kamal Ağalarov, Emma Ağayeva, Məmməd Balakişiyev uzun illər səmərəli fəaliyyət göstəriblər.
Hazırki Baytarlıq təbabəti fakültəsi Respublikamızda ilk ali təhsilli baytar həkimləri hazırlayan baza olmaqla yanaşı, həm də Respublikamızda baytarlıq elmi-tədqiqat işləri ilə məşğul olan əsas mərkəzdir. Fəaliyyəti dövründə fakültə Respublikanın aqrar səhəsi üçün minlərlə yüksək ixtisaslı baytar mütəxəssisləri hazırlamışdır ki, bunlar arasında tanınmış elm xadimləri, əmək qəhrəmanları, ictimai xadimlər, Dövlər mükafatı laureatları, dövlət strukturlarında yüksək rəhbər vəzifələrdə çalışmış şəxslər olmuşlar.
Fakültənin bir çox məzunları AMEA-nın müxtəlif institutlarında (Zoologiya institutunda akademik Musa Musayev, professorlar İsmayıl Sadıxov və Tofiq Mikayılov, Fiziologiya institutunda- professorlar Müseyib Əliyev, Faxrəddin Əsgərov və Telman Ağayev, Mikrobiologiya institutunda akademik Məmməd Salmanov və professor Fuad Qulubəyov, Genetika institutunda- akademik Ağaxan Ağabəyli və dosent Vəli Qarayev və digərləri), Azərbaycan Tibb Universitetində (professor Emma Ağayeva), Azərbaycan Dövlət İqtisad Universitetində (professorlar Mobil Həsənov və Əmir Əhmədov), Bakı Dövlət Universitetində (professor Şaqibə Əhmədova) aparıcı alimlər kimi çalışmış və onlardan bəziləri hazırda da fəaliyyət göstərirlər.
Azərbaycan Elmi-Tədqiqat Baytarlıq İnstitutunun əməkdaşlarının bir çoxu bu fakültənin yetirmələri olmuşlar (professorlar İslam Fərzəliyev, Ələddin Ənnağıyev, Abbasəli Məmmədov, Fərhad Məlikov, İkram Eyyubov Faxrəddin Şirinov, Məmmədhəsən Qafarov, Ənvər Ağayev, Nəcibə Əliyeva, İlham Əzimov, Elxan Əliyev, Qara Sarıyev, Xalidə Abdullayeva, Avtandil Yusifov, institutun hazırki direktoru Siala Rüstəmova, yüzlərlə baytarlıq elmləri üzrə fəlsəfə doktorları və elmi işçilər).
Fəxredici haldır ki, fakültənin bir çox məzunları Respublikadan kənarda öncül tədris və elmi-tədqiqat müəssisələrində elmi və pedaqoji fəaliyyətləri ilə nüfuz qazanmışlar və hazırda da uğurla çalışırlar: Ümumrusiya Elmi-Tədqiqat Fiziologiya, Biokimya və Qidalanma İnstitunun professor Əli Əliyev, Ümumrusiya Heyvandarlıq Elmi –Tədqiqat İnstitunun professorları Əhmədağa Əbilov, Şaiq Nəsibov, Vüqar Bağırov, Voronej Aqrar Universitetinin professoru Süleyman Süleymanov, Ümumrusiya baytarlıq-sanitariya institutunun professorları Tofiq Abbasov, Adil Qədirov və bir çox başqaları.
Respublikada zoobaytarlıq təhsilinin təşkilində, inkişafında və təkmilləşdirilməsində fakültənin professor-müəllim kollektivinin (F.A.Məlikov, M.Q.Qəniyev, M.Ə.Mehdiyev, A.Ə.Ağabəyli, Q.Q.Möhsünzadə, R.X.Səttarzadə, Z.Q.Verdiyev, C.M.Axundov, M.İ.Həsənov, A.İ.Mehdiyev, H.M.Hacıyev, Ə.M. Xəlilov, H.C.Quliyev, Y.B.Səfərov, R.A.Qədimov, K.B.Ağalarov, R.B.Rüstəmov, Ə.A.Əsgərov, Ə.M.Xəlilov, M.A.Mustafayev, T.M.Turabov, A.İ.Əliyev, F.A.Məmmədov, Ç.A.Rzayev, İ.M. Fərzəliyev, İ.A.Abbasov, H.İ.Dilbazi, E.Q. Qocayev, R.N.Allahverdiyev və digərləri) böyük xidmətləri olmuşdur. Bu alimlər dəstəsinin səyi nəticəsində mütəxəssislərin hazırlanmasının keyfiyyəti ilbəil yaxşılaşdırılmış, zəngin dərslik, dərs vəsaiti və tədris-metodiki rəhbərliklər fondu yaradılmış, fakültənin nəzdindəki kafedraların maddi-texniki bazası məhkəmləndirilmiş və müasirləşdirilmiş, tədris və istehsalat təcrübələrin keyfiyyəti yaxşılaşdırılmış və təkmilləşdirilmişdir.
Pedaqoji fəaliyyətlə yanaşı fakültənin əməkdaşları tərəfindən heyvandarlığın və baytarlığın aktual və problemli məsələlərinə aid dəyərli elmi tədqiqatlar aparılmışdır: Azərbaycan dağ merinosu qoyun cinsi, Azərbaycan camış cinsi, Qonur Qafqaz qaramal cinsi, yüksək məhsuldar və xəstəliyə davamlı zebu qanlı hibridlər, yunluq-ətlik istiqamətli zərif yunlu qoyun cins qrupu yaradılmış, Qarabağ atı cinsinin təkmilləşdirilməsi sahəsində samballı tədqiqat işi aparmış, camış südünün kimyəvi tərkibini, fiziki-texnoloji xassələrini araşdıraraq müxtəlif növ pendirlərin, kərə yağı və qaymağın istehsal texnologiyasını işlənib hazırlamış, camışların pasterellyozuna qarşı vaksin təklif edilmiş, əsas təhlükəli infeksion xəstəliklərin epizootologiyası öyrənilmiş və bu xəstəliklərə qarşı səmərəli müalicə-profilaktika tədbirlər kompleksi işlənib hazırlanmış, yoluxmayan, ginekoloji, mamalıq və parazitar xəstəliklərinə qarşı etibarlı mübarizə tədbirləri, effektli cərrahi əməliyyat və süni mayalanma üsulları, və s. işlənib hazırlanmışdır).
Müxtəlif dövrlərdə baytarlıq fakültəsinə aşağıdakı dekanlar rəhbərlik etmişlər: dosentlər C.R.Cəfərov, A.H.Əlizadə, Q.M.Rə¬himzadə, S.A.Xəlilov, professor R.X.Səttarzadə, dosent A.Q.Qədimov, professor M.Ə.Mehdiyev, dosent Ç.A.Rzayev, professor M.İ.Həsənov, professor H.İ.Səfərov, professor Y.B.Səfərov, professor M.A.Mustafayev, professor Ə.A.Əsgərov, professor H.M.Quliyev, professor R.A.Qədimov, professor Ə.M.Xəlilov, dosent Ə.M.Əlizadə, dosent E.Q.Qocayev, professor M.M.Əliyev, dosent S.M.Tağıyev.
2003-cü ildən baytarlıq və zoomühəndislik fakültələri birləşdirilmiş və vahid fakültə kimi fəaliyyət göstərməyə başlamış, 2020-ci ildən isə yenidən ayrılmışdır.
2003-2008-ci illərdə fakültəyə professor M.M.Əliyev, 2008-2018-ci illərdə dosent T.B.İsgəndərov, 2018-2019-cu illərdə isə dosent Q.Ə.Dünyamalıyev rəhbərlik etmişlər.